При необхідності з Індонезії легко потрапити в Малайзію (і навпаки). Найпростіший і швидкий спосіб, традиційно, літак. До столиці Малайзії Куала-Лумпур регулярно відправляються рейси з Джакарти (2 години в дорозі), Медана (1 година), Пеканбару (з цього міста можна долетіти ще й до Малакки), Паданг, з Балі (3 години в дорозі) і т. д. Вильоти здійснюють компанії Malaysia Airlines, Air Asia, Lion Air, KLM.

Ті, хто не шукає легких шляхів, можуть потрапити з однієї країни в іншу на автобусі, що курсує з малазійського Кучінг в індонезійська Понтіанак. Візу на прикордонному пункті не видають, так що про неї слід подбати заздалегідь. Це єдиний варіант перетнути кордон по суші, залізничного сполучення між країнами немає.

Зате з Індонезію в Малайзії можна дістатися на поромі. Вони щодня ходять за маршрутами Медан - Пенанг, Думай - Малакка, Острови Ріау - Джохор-Бару, Тарган - Тавау і деяким іншим. Також між островами часто курсують швидкісні катери, так що дістатися, наприклад, на Суматру з Порт Кланг або Пенанга проблеми не складе.